Государственная агрономическая служба в Ставропольской губернии была образована в 1910 г., возглавил её агроном С. А. Мелик-Саркисов. По его инициативе было организовано новое опытное поле в сухой степи Святокрестовского уезда, на котором 12 марта 1912 г. в двух верстах от г. Святой Крест (в настоящее время Будённовск) на 20 десятинах земли приступил к работе старший уездный инспектор по полеводству Константин Николаевич Барковский.

В 1925 году опытное поле в Прикумске (ранее называвшемся Святым Крестом) было преобразовано в Прикумскую сельскохозяйственную опытную станцию. В 1930 году станция стала зональной хлопковой, а в 1932 году на её базе из Моздока был переведён Институт неорошаемого хлопководства новых районов.

Возглавил институт Николай Порфирьевич Власенко. По его инициативе, помимо хлопководства, начались исследования в области селекции зерновых культур, земледелия и растениеводства.

В годы Великой Отечественной войны институт был эвакуирован в Среднюю Азию. После войны он был полностью восстановлен в 1948 году, и его возглавил Владимир Михайлович Докучаев, которого в 1954 году сменил Михаил Парамонович Куркин.

В 1956 году институт хлопководства был преобразован в Ставропольский научно-исследовательский институт сельского хозяйства (СНИИСХ), который в 1963 году переехал в село Шпаковское на базу совхоза "Михайловский".

С 1963 года институт возглавлял академик Александр Александрович Никонов. Созданная в этот период система земледелия для засушливых районов края позволила в 1976–1980 годах сгладить влияние неблагоприятных факторов, таких как засухи, эрозия почв и другие, и предотвратить снижение урожайности и валовых сборов в последующие годы.

С 1978 по 1986 год институтом руководил академик Виктор Макарович Пенчуков. В 1986 году директором института стала академик Людмила Николаевна Петрова. С 2003 по 2008 год директором института был кандидат сельскохозяйственных наук Алексей Николаевич Абалдов.

В настоящее время на базе СНИИСХ создан Северо-Кавказский федеральный научный аграрный центр.